O primeiro arco, que começa com o segundo capítulo, se prolonga até uma missão de resgate do membro da guilda Macau, realizada por Natsu,e se encerra com uma missão de Lucy e Natsy, aonde eles tem que destruir o livro Day Break, que está nas mãos do Duque de Evaroo. Neste arco temos revelada apenas o passado de Natsu, mas são introduzidos alguns dos personagens secundários, como Elfman, Loki, Kanna e Mirajane.

Começa com a volta de Erza a guilda, depois de concluir com sucesso uma missão envolvendo a eliminação de um demônio. Ela recruta Gray e Natsu ( e portanto, Lucy e Happy também), para uma missão de dificuldade muito grande. Os cinco tentam impedir os planos diabólicos de uma terrível mago conhecido por Shinigami Eligor, aonde Eligor tenta matar todos os chefes das guildas que estavam em uma reunião, através da mágia proibida Lullaby. O arco se encerra com o sucesso da missão, e a luta de Natsu e Erza encontra-se próxima.

Deliora- O início é a luta de Natsu e Erza, que é interrompida quase que no mesmo instante em que começa, porque um funcionário do Conselho aparece com uma ordem de prisão para Erza. Natsu tenta tirá-la da prisão sem sucesso, e acaba ficando preso com ela, mas ela acaba por ser liberada. Então os personagens Luxus, neto do mestre da guilda Fairy Tail Makarov, e Mistgun, mais misterioso e considerado o melhor membro, finalmente aparecem, despertando em Natsu a ambição de realizar missões maiores. Ele, Happy e Lucy fogem da guilda com uma missão de dificuldade S, missões essas que só podem ser feita por Erza, Mistgun, Luxus, Gildartz e Makarov, e outros membros não possuem autorização pra fazê-las devido à dificuldade. Gray é mandado para impedi-los, mas acaba querendo realizar a missão também. Então cabe a Erza impedi-los. A missão trata-se de destruir a lua, pois ela supostamente amaldiçoava as pessoas que viviam na Ilha Garuna. O grupo tenta achar outras maneiras de libertar os cidadãos da maldição, e acabam se encontrando com Leon, o ex-colega de Gray, e o temido Deliora. O passado de Gray é revelado com detalhes nesse arco. O arco se encerra com a auxiliar de Sieglein, um homem perverso do conselho, pegando informações sobre nossos heróis.

Começa com o fim da missão na Ilha Garuna, porque quando o grupo retorna à guilda, depara-se com ela totalmente destruída. Uma guilda rival, a guilda Phanton Lord, havia feito isso, mesmo com os membros irritados pela destruição da guild Makarov, não autoriza a revidarem, sabendo que a Fairy Tail não iria revidar a Phantom Lord ataca o Shadow Gear (Levi, Jet e Droy), esse ato foi a gota d’água. Então a guilda Fairy Tail prepara um plano de vingança, e tenta recuperar sua honra, mas descobrem que o verdadeiro motivo dessa guerra, era que o pai de Lucy queria Lucy de volta para se casar com o filho de um empresário por interesse. Nesse arco, conhecemos o passado de Elfman e o passado de Lucy, e são introduzidos os personagens Gazille (Dragon Slayer do Ferro, não demora a virar mais um rival de Natsu) e Lluvia. O arco se encerra com a derrota da guilda Phanton Lord, e com a revolta de Lucy para com o seu pai.

Inicia-se com pequenas aventuras e desandamentos sem muita importância, mas depois descobrimos o passado de Loki, que na verdade era o espírito estelar de Leão. Ao ser salvo por Lucy, ele oferece aos cinco heróis hospedagem grátis em um hotel, para que se divertissem com cassinos e jogatina. Não demora a se envolveram em um grande problema, pois os ex-companheiros de Erza estão por lá, querendo trazer de volta uma terrível arma chamada Ethérion, então Erza e Happy são seqüestrados, e Natsu, Gray, Lucy e Lluvia vão tentar resgatá-la. Conhecemos então o terrível vilão Gerard, que também era secretamente o maldoso Sieglein, além de ser revelado o passado de Erza. Presenciamos a "suposta morte" de Erza, mas Natsu consegue salvá-la nos últimos segundos, e a carrega para longe do local inimigo. O arco se encerra com o perdão e o adeus do ex-companheiros de Erza.

Considerado pelos fãs o melhor arco. Começa com a entrada de Gazille e Lluvia para Fairy Tail, o que desperta raiva entre os membros, principalmente Luxus, que arma um plano durante um festival chamado Fantasia. Trata-se de um jogo para fazer os membros da guilda lutarem entre si. O que restasse enfrentaria Luxus, e o vencedor seria o novo mestre da guilda ( de acordo com as regras do jogo ). Conhecemos o passado de Mirajane e de Luxus em si,também descobrimos um pouco mais sobre Mistgun, além de contemplarmos as mais empolgantes lutas do mangá: Luxus VS Mistgun, e Luxus VS Natsu e Gazille. O arco acaba com o banimento de Luxus da guilda e dando a entender que ele se tornaria uma pessoa melhor.

Arco mais recente, inicia-se com o relacionamento de Lucy e seu pai se tornando mais harmonioso, mas o que o arco foca é o confronto das quatro melhores guildas do Mundo Mágico (o que inclui a Fairy Tail) contra a organização mestre das Guildas Criminosas, conhecidas como Orácion Seis, no fim deste arco Lucy ganha mais três novos espíritos estelares (Gemini, Scorpio e Áries), além disso, o arco marca o arrependimento de Gerrard que perdeu a memória e foi preso, além disso, a Fairy Tail recebe um novo membro (Wendy a Dragon Slayer do Céu), e termina com o aparecimento de Gildartz, o mago mais poderoso da Fairy Tail.

O Arco se inicia com a chegada de Gildartz que conta para Natsu que encontrou um dragão, o "Dragão Negro", ele conta que o dragão arrancou um dos seus braços e uma de suas pernas, por isso ele falhou na sua ultima missão (uma missão que só ele poderia fazer a missão de 100 anos). Logo depois Mistgun avisa a Wendy que não conseguiu aguentar mais tempo a Anima, e que ela deve fugir se não vai morrer, ela se nega a abandonar os membros da Fairy Tail, mas mesmo assim a Fairy Tail e sugada para o mundo de Edoras, então descobre-se que Happy e Charlie são originais de Edoras e que podem passar entre os mundos, então Natsu e Wendy vão para Edoras afim de buscar seus amigos, mais ao chegar lá eles se deparam ,com outra guild Fairy Tail com membros totalmente diferentes.